Pada 17 Disember 2000, beliau dilantik sebagai penasihat keselamatan negara dan meletakkan jawatannya di Universiti Stanford. Pada 2001, beliau bertemu dengan pengarah CIA, George Tenet berhubung ancaman pengganas yang menjadikan Amerika Syarikat sebagai sasaran utama. Pada 10 Julai 2001, beliau hadir dalam 'mesyuarat tergempar' dengan George Tenet di White House dan telah dapat mengesan potensi 'serangan Al-Qaeda'. Dia bersedia memberi laporan kepada Setiausaha Rumsfeld iaitu Peguam Negara Amerika Syarikat , John Ashcroft.

Apabila ditanya semula hal itu pada 2006, beliau menyatakan dia tidak ingat secara khusus apa yang dibincangkan kerana banyak kali pertemuan telah diadakan dengan George Tenet. Mesyuarat tentang ancaman pengganas itu diadakan dua bulan sebelum Serangan 911.

Rice merupakan penyokong utama pencerobohan Amerika ke atas Iraq pada 2003. Iraq dikatakan mempunyai senjata pemusnah besar-besaran (Weapons Mass Destruction - WMD) dan diserahkan kepada PBB pada 8 Disember 2002. Rice adalah penulis rencana yang disiarkan oleh New York Times bertajuk 'Mengapa Kita Tahu Iraq Berbohong'.

Pada Mac 2004, setelah ditekan , George Bush membenarkan Condoleezza Rice disiasat berhubung perkara-perkara dasar pencerobohan itu . Pada April 2007, Rice menolak atas keistimewaan eksekutif berhubung tuduhan Iraq mendapatkan serbuk uranium kuning dari Nigeria.

Pada 2004, dalam pilihan raya Presiden Amerika Syarikat, beliau adalah penasihat keselamatan negara pertama yang menyokong presiden sedia ada.

Rice pernah berkata "Saddam Hussein bukanlah sebab utama serangan Amerika terhadap Iraq . Saddam Hussein adalah sebahagian dari Timur Tengah yang membarah dan tidak stabil dan mencipta masalah pada Serangan 911"

Pada 10 Januari 2003 Condoleezza Rice ditemubual oleh wartawan CNN, Wolf Blitzer berhubung tidak adanya senjata WMD di Iraq sebagaimana digembar-germburkan sebelum Amerika menceroboh Iraq dan ternyata Rice telah berbohong. Rice menjawab bahawa beliau membaca laporan lama tentang Osama bin Laden yang hendak menyerang Amerika bertarikh 6 Ogos 200.